Siempre se podrá acceder al código con ese tipo de utilidades, porque reálmente no puedes compilar en Batch, el contenido del executable se tiene que extraer a una carpeta temporal antes de poder ejecutarse, y cualquier persona con sólo un poco de experiencia general en el campo de la informática sabe como localizar/monitorizar dicho contenido.

Lo que puedes hacer es ofuscar el código, para que quede un contenido inteligible y le sangren los ojos a quien intente descifrarlo, pero volvemos a lo mismo, cualquier persona con los conocimientos necesarios y/o con la herramienta adecuada podrá desofuscar/descifrar dicho contenido.

Un saludo!

No he probado este software, pero tiene buena pinta: [BATCH]hackxcrack batch encriptador

Saludos

Yo creo que mejor que usar programas hechos por otros, deberías hacerlo tú a mano, así aprendes

Si quieres información del tema hace un par de años escribí un paper sobre el tema, si buscas por google "cifrado en batch" con mi nick seguramente encuentres algo.

Saludos!