Porque cuando hago un decode de una cadena en base 64, me muestra unos caracteres extraños, por ejemplo.

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á ?>

Pero en algunas cosas si las traduce bien, estoy usando:

echo htmlentities( base64_decode($encode), ENT_QUOTES );

y

echo htmlentities( base64_decode($encode), ENT_QUOTES, "UTF-8" );

Algún aporte?

estuve mirando un poco, pero no e trabajo mucho con base64, te recomiendo MD5 un simple ejemplo sería:

Bien