Hola!!! hace algún tiempo hice una aplicación de registro y consulta de notas en JSP, tuve un problema similar pero los solucione haciendo dos tablas (una para docentes y una para estudiantes) y así  mismo hice dos formularios de inicio de sesion en paginas diferentes  que a través de código llaman la tabla de la que necesitas hacer la consulta y demás datos.

Otra forma es asignar un campo de nivel (1 o 2, por ejemplo) a cada usuario o registro que te permita a través de código redirigir  al sitio correcto de acuerdo al nivel que tenga o se asigno al usuario logueado.

no soy el programador mas experimentado pero ojala la información que te sirva!!!

Saludos!!!

Puedes añadir un nuevo campo a tu tabla de usuarios que sea de tipo Boolean. Si es verdadero entonces el usuario es un administrador y si es falso será un usuario normal. A la hora del registro, al usuario normal le pones por defecto falso, y al administrador verdadero. Es más fácil que hacer dos tablas en la BBDD.