podrias usar la libreria GD, entonces pueden subir cualquier tipo de imagenes (a cualquier tipo me refiero a png, gif o jpg :p jeje) pero no importa el tipo que suban, siempre te las guarda en el servidor con extension jpeg. entonces, como las abre, las decodifica, las vuelve a codificar (pero esta vez siempre en jpeg), si habian subido un archivo .php ya no sirve. hoy toy aburrido asi que te dejo el code xD

function imagecreatefromimg ($flotaImage) {
	$tipo = getimagesize($flotaImage);
	switch ($tipo['mime']) {
		case "image/jpeg":
		$finalImage = imagecreatefromjpeg($flotaImage);
		break;
		case "image/png":
		$finalImage = imagecreatefrompng($flotaImage);
		break;
		case "image/gif":
		$finalImage = imagecreatefromgif($flotaImage);
		break;
		default:
		die("Tipo de imagen no válida.");
		break;
	}
	return $finalImage;
}
$imagen = imagecreatefromimg($_FILES['imagen']['tmp_name']);
$directorioImagen = 'imagenes/'.$_FILES['imagen']['name'].'.jpg';
imagejpeg($imagen, $directorioImagen); //guardamos la imagen en el directorio imagenes.
imagedestroy($imagen);
 

Listo . Funciona, yo lo comprobe
Cualquier error o duda pregunta!!
Saludos!!

hubieses dicho que usabas GD xD me ahorraba el tiempo jejej, igual me gusta programar mira, tu codigo esta joya, ahora, no conozco mucho (ya que no lo trabajo) el valor ['type']. nose si se puede trucar o algo asi... mira, en si, tu code es mezcla de lo mio, porq el tuyo, como bien, guarda la imagen como jpeg, y la redimensiona bien.

ahora si te interesa, podes mezclar mi code con el tuyo, para que el usuario tenga la posibilidad de subir archivos png y gif, junto a jpeg; redimensiones y la guardes como jpeg. eso es cuestion tuya, en si, confio un poco mas en el "getiomagesize()" y "$tipo['mime']" pero me parece que es exactamente lo mismo. ahora queda cuestion tuya, tu pregunta fue resuelta. Tu codigo esta bien. un saludo

Ya que estamos

function imagecreatefromimg ($flotaImage) {
	$tipo = getimagesize($flotaImage);
	switch ($tipo['mime']) {
		case "image/jpeg":
		$finalImage = imagecreatefromjpeg($flotaImage);
		break;
		case "image/png":
		$finalImage = imagecreatefrompng($flotaImage);
		break;
		case "image/gif":
		$finalImage = imagecreatefromgif($flotaImage);
		break;
		default:
		die("Tipo de imagen no válida.");
		break;
	}
	return $finalImage;
}
$aux = imagecreatefromimg($_FILES['imagen']['tmp_name']);
$ancho=imagesx($aux);
$alto=imagesy($aux);
if($ancho>400){
	$divisor=($ancho / 400);
	$ancho=($ancho / $divisor);
	$alto=($alto / $divisor);
}
if($alto>400){
	$divisor=($alto / 400);
	$alto=($alto / $divisor);
	$ancho=($ancho / $divisor);
}
$dst_img=imagecreatetruecolor($ancho, $alto);
//400px x 400px es el tamaño maximo
imagecopyresampled($dst_img, $aux, 0,0,0,0, $ancho, $alto, imagesx($aux), imagesy($aux));
$directorioImagen = 'img/'.$_SESSION['id'].'.jpg';
imagejpeg($dst_img, $directorioImagen); //guardamos la imagen en el directorio imagenes.
imagedestroy($dst_img);
if(file_exist($directorioImagen) { echo "Imagen procesada exitosamente"; }else{ echo "Error al procesar la imagen"; }