Debe ser que tienes la codificación de PHP distinta a la de MYSQL, estoy de acuerdo con el comentario de jdc, debes usar el cotejamiento UTF-8 para la base de datos y la misma codificación para PHP, este es un ejemplo de como hacerlo en HTML, siempre y cuando tengas PHP embebido, como se dice el popular spaguetti:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
Recuerda que lo anterior va entre las etiquetas <head></head>
Y si solo es PHP:
<?php
header('Content-Type: text/html; charset=UTF-8') ?>
Lo anterior debe ser la linea inicial. Espero te sirva