Se hacen de forma automática, no hay que hacer nada, es el estandard HTML
http://www.w3.org/TR/html4/interact/forms.html#h-17.13.4.1
http://en.wikipedia.org/wiki/Percent-encoding

No debes hacer nada, el explorador las codifica automáticamente a urlencode al enviarlas.

Ahora, cuando las recibes a tu código php se entregan descifradas y esto lo hace el servidor apache, asi que no necesitas estar codificando y decodificando.

De todas formas si quieres doblar la codificación puedes usar la función urlencode().

<form 
 action="?var1=<?php echo urlencode($val1); ?>&var2=<?php echo urlencode($val2); ?>"
 method="post">
<input type="hidden" name="var3" value="<?php echo urlencode($val3); ?>" />
</form>

Saludos