OS X 10.11 El Capitan será la última actualización de OS X en soportar Java 6, tanto el runtime como las propias herramientas de Apple.
Desde hace tiempo Apple ha advertido que este entorno y versión de Java iba a desaparecer y OS X 10.11 El Capitan será el último sistema en soportarlo.
A efectos prácticos, la desaparición de este entorno en OS X 10.12 imposibilitará, por ejemplo, que algunas aplicaciones antiguas no puedan ejecutarse o instalarse, incluso, como versiones antiguas de Suites de Adobe (CS4 y anteriores, por ejemplo) u otras aplicaciones que utilicen este runtime en segundo plano para realizar tareas.
Con un año por delante, los desarrolladores de aplicaciones que aún utilizan o requieren de este entorno para sus apps deberán o quedarse en OS X 10.10 Yosemite o saltar a Java de Oracle.
Como usuario, si utilizas una aplicación crítica que rece sobre Java 6, tendrás que ir evaluando herramientas alternativas o solicitando al desarrollador que haga el correspondiente salto, con un año aún para el desarrollo.
Fuente: http://www.faq-mac.com/2015/08/os-x-10-11-el-capitan-el-ultimo-canto-de-java-6/