Creo que tu duda no se entiende bien por que me da la sensación de que estás mezclando cosas y por eso nadie respondió. El directorio de trabajo actual no tiene nada que ver con el elemento raíz de una estruxtura XML, que es eso, como su nombre indica: el elemento raíz

<root>
  <child>
    <subchild>.....</subchild>
  </child>
</root> 

Con respecto al contenido de un paquete nuget, ¿te refieres al archivo "[Content_Types].xml"?, es que de nuevo esto tampoco tendría nada que ver con el directorio de trabajo actual. El directorio de trabajo y de inicio es donde se descomprime el contenido del archivo nupkg / zip.

Saludos!