Con esa licencia de los convenios con universidades puedes, sin problemas, vender tus aplicaciones, con tal es TU aplicación. 

El rollo es el siguiente. Visual Studio NO es el compilador, el compilador es GRATIS y viene con el .Net Framework SDK que puedes descargarlo aparte o con visual Studio .. Entonces esas son las dos formas de compilar tu codigo.

Con VS lo que NO puedes hacer es usarlo sin tener licencia, es decir, no puedes PROGRAMAR s ahi sin la licencia adecuada, sea la FREE o la COMERCIAL, en ambas puedes vernder tu aplicativo ya que es Tuyo, porque a la final el compilador es GRATIS.

Saludos!