Para esto tendrás que leer mucho, Reflection, estructura de un ensamblado en .Net, Packets, Compresión, Criptografía y muchas cosas más es un tema muy extenso...

Creo que te has confundido entre programar y ofuscar, ¿sabes el significado de ofuscar?, si intentabas referirte al hecho de crear un programa debes comenzar desde el principio, los programas se construyen a través de lenguajes de programación haciendo uso de compiladores, que transforman el código en el ejecutable o ensamblado, te recomiendo comenzar con C/C++, y no con .Net. Hay muchísimos tutoriales, guías, cursos en línea, etc; En Internet sobre programación para comenzar desde 0, con el tiempo y la dedicación podrás ir aprendiendo para luego poder atacar la ofuscación, si a eso te referías, la ofuscación es el arte de ensuciar el código de un programa, que puede ser visto a través de un desensamblador o debugger para hacerle la tarea más difícil a la persona que intenta obtener el código del ensamblado o ejecutable. Espero haber aclarado la duda