¿Que significado le das a "es muy ineficiente"?,
guardar una BD en un archivo de texto plano no tiene porque ser ineficiente, depende de si la manera en que lo haces es eficiente o no, por poner ejemplo un CSV (Comma-separated values), .NET dispone de métodos para parsear este tipo de archivos delimitados usando la Class TextFieldParser -> http://msdn.microsoft.com/en-us/library/microsoft.visualbasic.fileio.textfieldparser%28v=vs.110%29.aspx

Si que es cierto que visúalmente puede quedar fea la información guardada, pero ineficiente... yo pienso que no.

Tampoco especificas cual es la cantidad de registros, puede que sean demasiado pocos como para perder el tiempo ponerse a hacer una BD en Excel o MySQL, o puede que sean demasiados como para guardar la información en un archivo de texto delimitado.

No me apasiona la idea de depender de otro producto de Microsoft y además aprender su manejo y estructura para guardar/leer X información, yo te recomendaría un simple archivo XML, que bien eficiente es, pero bueno, para gustos colores algunos trabajan más eficázmente con otro tipo de estructuras, no he manejado Excel pero aqui tienes claros ejemplos de como manejar Excel en .NET:

-> A Complete Excel Programming Sample
-> Read and Write Excel File Dynamically
-> C#: Query Excel and .CSV Files Using LinqToExcel

Saludos!

Por una parte existe NPOI para crear Excel, y por otra parece que quieres usar Excel a modo de base de datos, lo que puede hacer en .NET usando OLE DB