Dónde debo de colocar el .Clear();

public Form5()
{
InitializeComponent();
}
DataSet ds = new DataSet();
private void Form5_Load(object sender, EventArgs e)
{
cargarActas2("");
loadComboPeriodo();
loadComboDepartamento();
loadComboMate();
loadComboProfesor();
loadComboTipoSemestre();
}
public void cargarActas2( String Filtro )
{
string connetionString = "Data Source=IRONGIO-PC;Initial Catalog=itiz;Integrated Security=True";
string sql = "select idacta, PE.nombrePeriodo, DE.nombreDpto, MA.nombreMateria, PR.nombreProfesor, TS.nombreTipoSemestre, grupo, clave, folio, ruta" +
" from Actas A" +
" join Periodos PE on A.idperi = PE.idperi" +
" join Departamentos DE on A.iddpto = DE.iddpto" +
" join Materias MA on A.idmate = MA.idmate" +
" join Profesores PR on A.idprofe = PR.idprofe" +
" join TipoSemestre TS on A.idtiposem = TS.idtiposem WHERE 1=1 " + Filtro ;
SqlConnection conexion = new SqlConnection(connetionString);
SqlDataAdapter dataAdap = new SqlDataAdapter(sql, conexion);
conexion.Open();
dataAdap.Fill(ds);
conexion.Close();
dgvActas.DataSource = ds.Tables[0];
}
private void Filtar_Click(object sender, EventArgs e)
{
String Filtro="";
if (comboBox4.SelectedIndex != 0)
{
Filtro += " and A.idperi= " + comboBox4.SelectedValue.ToString();
ds.Clear();
}
if (comboBox1.SelectedIndex != 0)
{
Filtro = " and A.iddpto = " + comboBox1.SelectedValue.ToString();
ds.Clear();
}
if (comboBox3.SelectedIndex != 0)
{
Filtro += " and A.idmate= " + comboBox3.SelectedValue.ToString();
ds.Clear();
}
if (comboBox2.SelectedIndex != 0)
{
Filtro += " and A.idprofe= " + comboBox2.SelectedValue.ToString();
ds.Clear();
}
if (comboBox5.SelectedIndex != 0)
{
Filtro += " and A.idtiposem= " + comboBox5.SelectedValue.ToString();
ds.Clear();
}
this.cargarActas2(Filtro);
}
private void MostrarTodo_Click(object sender, EventArgs e)
{
ds.Clear();
cargarActas2("");
}
private void Limpiar_Click(object sender, EventArgs e)
{
comboBox1.Text = "";
comboBox2.Text = "";
comboBox3.Text = "";
comboBox4.Text = "";
comboBox5.Text = "";
ds.Clear();
}

Buenas

1. Los índices empiezan por 0, si quieres determinar que haya un item seleccionado en un combobox de la manera en que lo estás haciendo entonces debes evaluar el valor -1, donde -1 es ninguno, 0 el el primer item, 1 el segundo item, etc...

Código

if (ComboBox.SelectedIndex != 1) {
    // ...
}

2. Eliminar el texto del combobox no altera el índice de selección, el valor de la propiedad SelectedIndex seguirá siendo el mismo que estaba seleccionado antes de eliminar el texto, a menos que tengas un item vacío (una linea en blanco) y tu intención sea seleccionar ese item vacío, cosa que no has especificado.

Si lo que quieres es deseleccionar el item entonces puedes hacer:

Código

ComboBox1.SelectedItem = Nothing;

o también:

Código

ComboBox1.SelectedIndex = -1;

3. ¿Porque limpias el DataSet en cada comparación de cada ComboBox?, se que tienes dudas sobre eso, pero no llego a entender con que intención lo haces tantas veces seguidas, obviamente es innecesario. No me manejo con tareas que requieran el uso de SQL, pero si necesitases limpiar las filas de las tablas del dataset entonces hazlo una vez y justo antes de rellenar usando el método Fill del SQLAdapter, en el método cargarActas2:

Código

...
ds.Clear();
dataAdap.Fill(ds);
...

Y digo "si necesitases", por que realmente no se si es necesario ya que no he comprobado que el método Fill del SQLAdapter las limpie antes de rellenar, cabría esperar que si lo hiciese, pero repito de nuevo que no manejo SQL, si no estás seguro compruébalo por ti mismo para salir de dudas.

4. No estás respetando el buen uso de la cantidad de espacios en blanco en la query de SQL ni los valores de String que debes encerrar entre comillas, aunque repito que no manejo SQL, pero algo conozco sin haberlo llegado a usar, de todas formas toda esa maraña de ifs lo puedes simplificar para construir esa parte de la query de manera más dinámica, por ejemplo así:

Código

    Private filterList As New List(Of String)
 
    Private Sub Form1_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs) _
    Handles MyBase.Load
 
        ' Set property names as tags
        Me.ComboBox1.Tag = "iddpto"
        Me.ComboBox2.Tag = "idprofe"
        Me.ComboBox3.Tag = "idmate"
        Me.ComboBox4.Tag = "idperi"
        Me.ComboBox5.Tag = "idtiposem"
 
    End Sub
 
    Private Sub ComboBox_SelectedIndexChanged(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs) _
    Handles ComboBox1.SelectedIndexChanged,
            ComboBox2.SelectedIndexChanged,
            ComboBox3.SelectedIndexChanged,
            ComboBox4.SelectedIndexChanged,
            ComboBox5.SelectedIndexChanged
 
        Dim cb As ComboBox = DirectCast(sender, ComboBox)
 
        Me.filterList.Remove(Me.filterList.Find(Function(item As String) item Like String.Format("AND A.{0}*", cb.Tag.ToString)))
 
        If cb.SelectedIndex <> -1 Then
            Me.filterList.Add(String.Format("AND A.{0}='{1}'", cb.Tag.ToString, cb.SelectedItem.ToString))
        End If
 
#If DEBUG Then
        Debug.WriteLine(String.Join(" ", Me.filterList))
#End If
 
    End Sub

Traducción a C#:

Código

private List<string> filterList = new List<string>();
 
private void Form1_Load(object sender, EventArgs e) {
 
	// Set property names as tags
	this.ComboBox1.Tag = "iddpto";
	this.ComboBox2.Tag = "idprofe";
	this.ComboBox3.Tag = "idmate";
	this.ComboBox4.Tag = "idperi";
	this.ComboBox5.Tag = "idtiposem";
}
 
// nota: Este event-handler lo usas para suscribirte al evento 'SelectedIndexChanged' de TODOS los ComboBoxes.
private void ComboBox_SelectedIndexChanged(object sender, EventArgs e) {
 
	ComboBox cb = (ComboBox)sender;
        this.filterList.Remove(this.filterList.Find((string item) => item.StartsWith(string.Format("AND A.{0}", cb.Tag.ToString))))
 
	if (cb.SelectedIndex != -1) {
		this.filterList.Add(string.Format("AND A.{0}='{1}'", cb.Tag.ToString, cb.SelectedItem.ToString));
	}
 
	// #if DEBUG
	     Debug.WriteLine(string.Join(" ", this.filterList));
	// #endif
}

Haznos saber si alguna de estas correcciones o sugerencias ha corregido el problema que tienes.

Saludos