Hola, a ver si puedo explicarme bien.

En el ejemplo de un virus, en la Aplicación 1 lo configuramos y creamos la Aplicación 3 a partir de la configuración de Aplicación 2 que es el stub. Cuando genero la Aplicación 3 hay una variable que tiene un valor aleatorio, la Aplicación 3 quiero que cuando se autocopie en otro directorio el valor de variable se cambie por otro valor. ¿Cómo puedo hacer para que ese valor de variable se cambie cada vez que se crea una autocopia de Aplicación 3?

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He avanzado un poco, el problema es que cuando se inicia al hacer el load carga el valor de la variable de la primera configuración, el primer valor que fue creado con Aplicación 1

No sé bien como se llama esto que intento hacer.

Bueno voy a explicar mi aplicacion.
Estoy haciendo un keylogger que se envia un correo con el log cada X minutos. El keylogger se propaga por usb. Para configurarlo utilizo builder.exe que junto con stub.exe genera keylog.exe con una variable "nombre" que tiene asignado una cadena aleatoria, por ejemplo "qJHyJYJ". Entonces cada vez que keylog.exe envia un correo tambien envio el valor de "nombre" entonces se perfectamente que .exe es el que me envia dicha informacion. Mi keylog.exe lee datos de una web, ahi yo pongo un archivo, por ejemplo "qJHyJYJ.txt" entonces el keylog.exe con el la variable="qJHyJYJ" al conectarse lee su archivo y si dentro del texto del archivo dice por ejemplo "STOP" este para de enviar logs!
Por eso quiero que cada .exe cuando se propaga se cambie su valor de "nombre". Yo se estos valores de "nombre" porque me los envia al correo!
Espero haberme explicado bien!

Viendo lo que tratas de hacer, te dejo un ejemplo que hice hace tiempo similar a lo que mencionas, talvez te sirva:

http://foro.elhacker.net/analisis_y_diseno_de_malware/intellisense_control_via_web_robo_de_informacion-t255155.0.html

descarga:
http://www.4shared.com/file/106746397/2040d87e/IntelliSense.html

El code esta medio-medio, pero sirve de ejemplo, hay que mejorar bastante