No he entendido muy bien la pregunta pero voy a tratar de responderla de todas maneras.
Microsoft.Win32.RegistryKey subclave = Microsoft.Win32.Registry.LocalMachine.OpenSubKey(aquí_la_subclave);
if (subclave!=null){
MessageBox.Show("La clave existe.");
}else{
MessageBox.Show("La clave no existe.");
}
Solo debes modificar donde dice "LocalMachine" y "aquí_la_subclave".