Lei en algun lado que con mage.exe del VS 2008 se podia cambiar algunas cosas de las aplicaciones (incluso el entry point), pero nunca lo probe.

Por otro lado se me ocurre que se puede crear dos ejecutable en C#.NET por ejemplo y cada uno que inicie en un form diferente, de ahi hacer la comparación de ambos con un heditor hexadecimal u otra herramienta para ver como modificar el punto de inicio de dicha aplicación.

Es solo una idea, habria que comprobarla para ver si se puede hacer.