Utiliza la siguiente propiedad para especificar el nombre de la clase que provee el entry-point o punto de entrada (método 'Main') de la aplicación:

• MSDN - CompilerParameters.MainClass Property

Ejemplo:

Dim pOptions As New Dictionary(Of String, String)()
pOptions.Add("CompilerVersion", "v4.0")
 
Dim cProvider As CodeDomProvider = New VBCodeProvider(pOptions)
' o bien...
Dim cProvider As CodeDomProvider = New CSharpCodeProvider(pOptions)
 
Dim cParams As New CompilerParameters()
If cProvider.Supports(GeneratorSupport.EntryPointMethod) Then
    cParams.MainClass = "Namespace.ClassName" ' Ej. "ConsoleApp1.Module1", "WindowsApp1.Form1"
End If
 
Dim cResult As CompilerResults = cProvider.CompileAssemblyFromSource(cParams, ...)
...

El framework de la aplicación se deshabilita de forma implícita cuando no especificas un Form como "objeto de inicio".

Saludos.