Tengo dos grabaciones hechas con cámara de video en mini DVD, quiero editarlas para cortar secuencias mal hechas.
Con qué puedo editar los archivos VOB y luego, cómo puedo grabarlos en un único DVD de 12" siendo que algunos archivos tienen el mismo nombre en los DVD pequeños?
Qué carpetas debo crear en el nuevo DVD?

Gracias de antemano a quien me pueda resolver este problema.

Ya has visto que el dvd-video es totalmente diferente a los demás archivos. Para unir dvds necesitas hacer una reatoría.

A parte de lo comentado por Songoku, otra opción es que uses el programa Chopper XP:
http://www.digital-digest.com/dvd/downloads/showsoftware_chopper_97.html
Este programa te permite extraer trozos de los vobs son recomprimirlos. El problema que puede dar son los puntos de corte; sólo se pueden hacer en ciertos frames y después, al unirlos, se puede notar esa zona de transición. Una vez con los trozos de vob que quieras mantener, sería cuestión de usar un programa de autoría de dvds.

Otra opción si esa no resulta, y la que da mejor resultado en los puntos de corte/unión es un programa de edición que descomprima los vobs, que permita hacer los cortes, y luego te permita exportar comprimiendo en mpeg-2. Ya tendrías que usar el adobe premiere o similar.

Hay otra opción que sirve para hacer cortes de mpeg/vob sin descomprimir todo el vídeo, sólo la zona de corte: Mpeg2Cut:
http://www.digital-digest.com/dvd/downloads/showsoftware_mpeg2cut_294.html
Sin duda esta es la mejor opción.

Finalmente, otra opción a considerar es el programa Tmpgenc Mpeg Editor, que está pensado para lo que quieres hacer, junto con su Tmpgenc DVD Author para la autoría del dvd final.

En fin, que esto de la edición no es darle a un click, hay que trabajarselo un poquito.