Es muy raro, asegurate que pones bien la ruta y carpeta o salvalo en el Escritorio...
Tambien puedes en vez d salvarlo en Wav, demultiplexarlo y lo separarás con su formato original que podrás manipular con otros programas facilmente tambien...

Aunque si lo que quieres es solo quitar uno de los audios, solo tienes q desactivar ese audio (haciendo doble clik sobre él) y luego salvas el avi con el nombre que quieras y donde quieras, pero no olvides en el menu video marcar la opcion "Direct stream copy" para que no te lo recomprima de nuevo todo.

Saludos.

Sourraund.