A ver, si te parece bien puedes pasar el avi a mpg con el Canopus Procoder o con el TMPGEnc, pero antes instalate el Vobsub, y asegurate de que el video y los subtitulos tengan el mismo nombre (ej. Pelicula.avi y Pelicula.ssa), así mientras hagas el proceso de conversión los subtítulos se insertarán automáticamente (el Vobsub solo tienes que instalarlo, no tienes que tocarlo para nada).

Si de esta forma te sigue saliendo desincronizado.....no se me ocurre nada más.

Saludos