primero, no creo que sea buena idea que las sacques en jgp, en gif te quedaran mejor.
Ahora hay un programa llamado Jasc Animation Shop, con el que puedes convertir video a imagen secuencial (gif), aunque tiene sus limitaciones, creo que es el mejor... ah debes tener buena ram... XDDD
Aqui lo consigues...
http://www.entrebits.com/descargas/programas/jasc-animation-shop/PD: Creo que esto deberia estar en diseño grafico o software, pero en windows?