Al final no entiendo bien que quieres lograr, si quieres grabar sin ninguna franja negra mejor graba en modo ventana, VirtuaNES tiene opciones con atajos de teclado para duplicar su tamaño (Tamaño al 100% => F5, Tamaño al 200% => F6), puedes usar el tamaño al 200% luego al grabar con VSDC ajustar bien el tamaño de la parte a grabar.

Para tu video de presentación es simple, solo debes de encajarlo y reproducirlo en el área a grabar y grabarlo primero, luego pasas rápido a la ventana de tu juego que ya debe estar bien cuadrada también, usa el atajo rápido para cambio de ventanas, como Win + 1 si tienes el juego en primera posición en la barra de tareas

NOTA: Por limitaciones del códec de grabación siempre te va a restringir a un número múltiplo de 4, o de 2 en el mejor de los casos, por eso algunas veces no es posible cuadrar bien el área a grabar, solo queda sacrificar unas filas o columnas de píxeles, eso se puede ver en el segundo 30 del siguiente video:



Si vas a grabar y editar mejor que uses Camtasia 8, es antiguo y sin soporte pero ligero, aunque tarde un poco en abrir por primera vez, hay muchos videos de como usar Camtasia 8 y siempre puedes preguntar por acá de como hacer algo en específico

Camtasia Studio 8.6.0 - 2015-08-15 (253.88 MB)
https://download.techsmith.com/camtasiastudio/enu/860/camtasia.exe

El serial lo encuentras a la primera Googleando: Camtasia 8 serial

Que yo sepa ya no tiene soporte y ya no verifica el serial OnLine, yo grabé el video anterior con Camtasia, puede que cueste unas horas aprenderlo a usar pero es de lo mejor que hay para grabar para postproducción sencilla, para preproducción Songoku ya recomendó incansablemente OBS que también requiere sus horas para aprenderlo a manejar bien, pero es de los programas que vale la pena saber usar.

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Recuerda que tu reproductor de video o la plataforma donde subas el video le podrían agregar bandas negras temporal o permanentemente para obtener una resolución estándar, en caso del reproductor basta siempre es temporal, pero youtube lo hace permanente.

Yo mis partidas las grabo con Fraps, los videos quedan en bruto por lo que son muy pesados y requieren trabajarlos, para editarlos uso VirtualDub2, con él puedo mejorar el contraste, saturación de colores y nitidéz, quitar partes que no quiero o unir videos del mismo tipo