Imagino que hablas de Swing. No es posible conseguir ese comportamiento que mencionas, se puede conseguir un comportamiento similar, que es bastante molesto, pero no funcionará en el foco de las ventanas, veras como tu ventana pierde el foco en favor de otra ventana y tu ventana comenzará a pedir el foco, lo que terminará en un comportamiento intermitente bastante molesto, Como dices que las ventanas son independientes, imagino que no quieres una ventana "bloqueante". Este comportamiento lo he conseguido desde KDE en Gentoo Linux, no se como se comportará en Windoes o en otro DE con un gestor diferente.

 
package dontlosefocus;
 
import java.awt.event.FocusEvent;
import java.awt.event.FocusListener;
import javax.swing.JFrame;
 
/**
 *
 * @author ryogi
 */
public class DontLoseFocus implements FocusListener {
 
    private JFrame mainFrame = new JFrame("No lose focus!!");
 
    public DontLoseFocus() {
        mainFrame.setSize(200, 200);
        mainFrame.setResizable(false);
        mainFrame.setAlwaysOnTop(true);
        mainFrame.addFocusListener(this);
        mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
    }
 
    public void show() {
        mainFrame.setVisible(true);
    }
 
    public static void main(String[] args) {
        DontLoseFocus dlf = new DontLoseFocus();
        dlf.show();
    }
 
    @Override
    public void focusGained(FocusEvent e) {
    }
 
    @Override
    public void focusLost(FocusEvent e) {
        mainFrame.requestFocus();
    }
}
 

Si tienes alguna duda con el código me avisas.

Saludos

Hola. Bueno si se trata de JavaFX lo que tienes que hacer entonces es usar Modalities en el Stage. Puedes revisar los tipos de Modality que puedes aplicar en un Stage en el siguiente enlace: http://docs.oracle.com/javafx/2/api/javafx/stage/Stage.html

En todo caso te dejo un ejemplo ilustrando lo que he expuesto:

package blockingwindow;
 
import javafx.application.Application;
import javafx.event.ActionEvent;
import javafx.event.EventHandler;
import javafx.scene.Group;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.scene.control.Button;
import javafx.scene.text.Text;
import javafx.stage.Modality;
import javafx.stage.Stage;
 
 
/**
 *
 * @author Takumi
 */
public class BlockingWindow extends Application {
 
    /**
     * @param args the command line arguments
     */
    public static void main(String[] args) {
        launch(args);
    }
 
    @Override
    public void start(Stage primaryStage) {
        Button newBlockWin = new Button("Abrir ventana");
        newBlockWin.setOnAction(new EventHandler<ActionEvent>() {
            @Override
            public void handle(ActionEvent event) {
                final Stage blockWin = new Stage();
                blockWin.initModality(Modality.APPLICATION_MODAL);
 
                Scene blockScene = new Scene(new Group(
                        new Text(10, 10, "Blocking Window")), 200, 200);
                blockWin.setScene(blockScene);
                blockWin.show();
            }
        });
        Group root = new Group(); 
        Scene scene = new Scene(root, 300, 300);
        root.getChildren().add(newBlockWin);
        primaryStage.setTitle("Blocking Window");
        primaryStage.setScene(scene);
        primaryStage.sizeToScene();
        primaryStage.show();
    }
}

Como puedes ver el Modality se ha aplicado al Stage creado desde el handle del botón.

Espero sea de ayuda.

Saludos