Estaba empezando a aprender a programar en Java cuando me di cuenta de que ya los applets quedaron en desuso, por lo que me surgio esa duda, aprendo java o ya fue?

Saludos.

Si, grandes entidades bancarias usan Java para su desarrollo de plataforma web, y ojo que java no es applets, hay muy buenos frameworks en Java que cumplen muy bien su función, como por ejemplo JSF, Servlets, JSP, aunque personalmente me quedo con JSF.

Ahora para cosas de escritorios personalmente no me agrada. 

Los applets de java no son más que aplicaciones que se ejecutan en un navegador que tenga instalado el complemento de java, y están totalmente en desuso ya que se utilizan otras tecnologías mejores, están ahí simplemente por compatibilidad con versiones anteriores ya que es uno de los puntos fuertes de Java.
Te pongo un ejemplo, para interfaces gráficas está AWT, luego salió SWING y ahora está JavaFX. AWT también esta en desuso.
Dentro de Java tecnologías nuevas sustituyen a las viejas,  simplemente.

Otra cosa sería hablar del futuro de Java con los últimos movimientos que está haciendo Oracle.

Java si tiene mucho futuro por más que lo intenten matar, el año que viene saldrá java 9 con cambios bastante significativos como la modularidad y el nuevo framework mvc.

Pero hay cosas preocupantes como la purga de los "Java Evangelist", la denuncia a google por copiar parte de la jvm o la api no se muy bien en Android, la discontinuidad de scene builder que era malo pero es síntoma de que javafx no lo tienen como prioridad, ceder a la comunidad el servidor de glashfish, las declaraciones de una directiva de "no enviéis fallos de seguridad que esta prohibido buscarlos, no los vamos a leer, y ya nos encargamos nosotros".

Lo de java no me gusta, yo lo veo como postureo, python o ruby "mola más" es verdad, pero cuando las cosas se ponen serias... (caso twitter). Y se dice que hay dos tipos de lenguaje... los que nadie usa y los que todo el mundo se queja.

Y por otro lado, están las tecnologías .net, donde Microsoft "que estaba en el lado del mal" esta desarrollando asp.net 5 (open source), para linux, mac y windows, Visual Studio un IDE envidiable gratis (hasta 5 desarrolladores), apoya el proyecto mono y .net va por delante de Java (aunque esto último no siempre es una ventaja).

A fin de cuentas y a día de hoy parece que los vientos favorables van a .net, pero como programadores da igual el lenguaje, no es más que una sintaxis y conocer los casos particulares, pero en cuestión de empresas y proyectos hay mucho que analizar.