El método devuelve por ejemplo si metes unos strings
a = "perryABelCornitorrincoD";
b = "ABCD";

a = "perry[target]AB[endtarget]el[target]C[endtarget]ornitorrinco[target]D[endtarget]


Mete entre [target][endtarget] los que esten contenidos en el segundo String
Mi problema es cuando se repiten, el replace me los suscribe dos o más veces y entonces me sale un disparate, si alguien sabe como se soluciona o si hay otra forma más sencilla...
Gracias

public static String tagger(String a, String b){
        //declaración de strings
        String x1 = "";
        String a1 = "[target]";
        String a2 = "[endtarget]";
        boolean bol = true;
        int n;
 
        //Tenemos que conseguir las subristas de b que aparecen en a
 
        for(int i = 0; i < a.length(); i++){                      
            n = b.indexOf(a.charAt(i));            //posición del caracter de a contenido en b   
            if(n != -1){
        	    bol = true;
            }
            if(n == -1){
        	    bol = false;
            }
 
            if(bol){
        	    x1 = x1 + a.charAt(i);
            }else{
        	    x1 = x1 + " ";
            }
        }
 
        int w1,n3;
        String aux = "";
        x1 = " " + x1 + " ";                                   //para que siempre encuentra un espacio a la izqda y no se salga de rango
 
        for(int k = 0; k < x1.length(); k++){
            w1 = x1.charAt(k);
 
            if(w1 != ' ' && x1.charAt(k-1) == ' '){            // no es un espacio pero el anterior si es un espacio
                n3 = x1.indexOf(" ",k);                        //busca la posición del próximo espacio
                aux = x1.substring(k,n3);                      
                a = a.replaceFirst(aux,a1+aux+a2);
 
            }
        }
        return a;
    }
}