import java.util.*;
public class array0301
{
    private double[] alturaAlumnos;
    private double alturaMedia;
    private int indexArray;
    private Scanner entradaTeclado;
 
    public array0301()
    {
        this.alturaMedia = 0;
        this.indexArray = 0;
        this.entradaTeclado = new Scanner(System.in);
    }
 
    public void setAlturas()
    {
        while(entradaTeclado.hasNext())
        {
            if(entradaTeclado.hasNextDouble())
            {
                alturaAlumnos[indexArray] = entradaTeclado.nextDouble();
                indexArray += 1;
            }
        }
    }   
    public void getAlturas()
    {
        indexArray = 0;
        while(indexArray <= alturaAlumnos.length)
        {
            alturaMedia = alturaMedia + alturaAlumnos[indexArray];
            indexArray += 1;
        }
        System.out.format("La altura media de %d alumnos es de %.3f metros",alturaAlumnos.length,(alturaMedia / alturaAlumnos.length));
    }    
    public static void main(String args[])
    {
        array0301 p1 = new array0301();
        p1.setAlturas();
        p1.getAlturas();
    }     
}

Error de capa 8

NullPointerException  es ocasionado porque tratas de ingresar a un indice que no existe en el arreglo.

Saludos.

import java.util.*;
public class array0301
{
    private double[] alturaAlumnos;
    private double alturaMedia,alturaCero;
    private int indexArray,contadorEntradas;
    private Scanner entradaTeclado;
 
    public array0301()
    {
        this.contadorEntradas = 0;
        this.alturaCero = 0;
        this.alturaAlumnos = new double[1000];
        this.alturaMedia = 0;
        this.indexArray = 0;
        this.entradaTeclado = new Scanner(System.in).useLocale(Locale.US);
    }
 
    public void setAlturas()
    {
        while(entradaTeclado.hasNext())
        {
            if(entradaTeclado.hasNextDouble())
            {
                alturaAlumnos[indexArray] = entradaTeclado.nextDouble();
                indexArray += 1;
                contadorEntradas += 1;
            }
            else break;
        }   
 
    }   
    public void getAlturas()
    {
        indexArray = 0;
        if(contadorEntradas == 0)
        {
            System.out.format(Locale.US,"La altura media de %d alumnos es de %.3f metros.",contadorEntradas,alturaCero);
        }
        else
        {
            while(indexArray <= contadorEntradas)
            {
                alturaMedia = alturaMedia + alturaAlumnos[indexArray];
                indexArray += 1;
            }     
            System.out.format(Locale.US,"La altura media de %d alumnos es de %.3f metros.",contadorEntradas,(alturaMedia / contadorEntradas));
        }
    }    
    public static void main(String args[])
    {
        array0301 p1 = new array0301();
        p1.setAlturas();
        p1.getAlturas();
    }     
}