Hola buenas, estoy haciendo un sistema de ventas
la cosa es que en la ventana de ventas (principal) hago todo el proceso de identificacion del producto y luego abro otro JFrame (secundario) donde debe indicar la cantidad del producto.

La cosa es que cuando me vuelvo desde el JFrame de cantidad (secundario) al principal donde realizar la venta, los procesos de la ventana principal no siguen, solo se cortan hasta que abre el Jframe secundario

Ayuda :c

Lo que dice miltonprogramador es cierto, Swing tiene su forma de proceder con esto de los hilos, y si te descuidas, pasa eso que dices.

También puede ser que estés usando una ventana en modo modal, por lo que sería propio que se bloqueara la ventana padre. Pero seguramente es cosa de los hilos.

El método SwingUtilities.invokeLater puede ayudarte.

Un poco más de info de StackOverflow:

https://stackoverflow.com/questions/12077245/what-is-swingutilities-invokelater