La respuesta es no , si aprendes java, es el primer paso para dominar J2EE,   que es lo que finalmente usarás en el mayor de los casos si lo que quieres es dedicarte profesionalmente a programar.

J2EE engloba más cosas a parte del lenguaje java,  para J2EE debes saber de servlets http://es.wikipedia.org/wiki/Java_Servlet, Jsp's http://es.wikipedia.org/wiki/JSP, javascript (aquí es donde entra JQuery, aunque no es lo único, scriptaculos por ejemplo es otra librerias javascript), entender MVC (modelo, vista, controlador), etc ....

Espero haberte aclarado un poco las cosas .

Saludos