Public class Ventana extends JFrame{

   //Elementos de la ventana
  .......
  .......
 .........
Controlador controlador;

    public Ventana(){
          JFrame frame = new JFrame(".......");
           etc......
           controlador = new Controlador(this);
            //this es esta ventana que la estas metiendo dentro del controlador y asi podras acceder a lamanipulacion de cualquiera de sus elementos, recuerda que los elementos deben ser publicos, sino , no podras acceder a ellos.
           
     }   
}

/////////////////////////////////////////////////////////////

public class Controlador{
    Ventana ventana;


     public Controlador(Ventana ventana){
          this.ventana = ventana;
       //ahora podras llamar a cualquier elemento dentro de la ventana

       }

     private void modBorderLayout(){
        JPanel panelborde = ventana.(aqui indicas donde se encuentra el border  dentro de la otra clase ya que ahora tienes acceso a todas las variables publicas y a losmetodos publicos)

y lamodificas como te plazca . ocultar cambiar de tamaño ponerle color etc....

}
}