Muy buenas,
antes de todo preguntarte si antes habias tocado algun tipo de lenguaje de programacion, C,C++,Pascal... cualquiera que te haya servido como base y del cual tomar las nociones basicas de la programacion, ya que una vez controlado un lenguaje, cambiar a otro no te costara ni la mitad.
Cierto es que hay diferencia entre los lenguajes de programacion orientados a objetos(Java,C++) y los que no (C,Pascal...).

Java es un lenguaje basado en la interaccion con objetos, y te ofrece muchas posibilidades, desde crear programas iterativos, que simplemente ejecutan una secuencia de codigo, hasta programas y aplicaciones mas complejas que interactuaran con el usuario de una manera o de otra conforme el usuario vaya interactuando con el programa.

Si ya habias tocado algun lenguaje de programacion, supongo que controloras los tipos de variable y demas.
Yo te aconsejaria, como bien dices, controlar bastante bien los arrays pues van a ser de gran utilidad, y que te mires bien el API de Java, es muy extenso y hay funciones para casi todo, a mi las que mas me salvaban la vida eran las de convertir valores (de int a string y cosas asi), por lo que te recomendaria que practicaras bastante con eso.

Mas adelante, centrate bastante en la creacion de objetos, como funcionan, para que sirven, y como utilizarlos correctamente.

Una vez que controles las interacciones con objetos, yo usaria (en netbeans) el creador de interfaz que viene con el entorno, esta bastante bien para empezar, y puedes hacer programas sencillos en los que el usuario ya interfiera (botones, listas...).

Te dejo un par de tutoriales sobre cosas basicas de Java,
espero ayudarte,
Un saludo !

-TUTORIAL JAVA http://www.youtube.com/watch?v=4EbOk9NMkc8
- FUNCIONAMIENTO ARRAYS http://www.youtube.com/watch?v=Ib7royTVP2k
- FUNCIONAMIENTO OBJETOS Y CLASES http://www.youtube.com/watch?v=AEXLtATMkZM