Tan sencillo, como crear un archivo .bat para abrir los -jar de tus programas, te dejo el código.
En realidad no creo que tenga creado un jar, en todo caso no hace falta crear un .bat (a menos que su aplicación sea tipo "desktop").
A esto me refiero...
Window asocia los archivos .jar como archivos java y al realizar doble click lo ejecutan.
Tienes que generar el archivo .jar, apartir de tus clases.
Esto tampoco soluciona el problema si es una aplicación de escritorio
Si usas Netbeans, hay un botón que dice "Clean and Build", y te genera el .jar en la carpeta de tu proyecto.
.__.
Cuando ejecutas el código el solo te genera el archivo .jar claro siempre y cuando tengas un programa con botones, interface gráfica y eso, pero si solo haces un System.out.println("Hola mundo"); y lo ejecutas solo te va a generar el archivo .class
Correción:
Sin importar si es una aplicación de interfaz o de escritorio al compilar el código se genera el .class
Aunque tu aplicación no tenga botones, etc se puede crear un .jar
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