descargar codigo web problema codificacion

Wenas.

Tengo un codigo que mediante la clase URL conecta a una web descarga el contenido y lo guarda en el fichero. Este sería el código más o menos:

Código:

String HTTPString = "http://"+host+":"+port+"/"+fileName;
            	URL theURL = new URL(HTTPString);

		InputStream inStream = theURL.openStream();
            	BufferedReader input = new BufferedReader(new InputStreamReader(inStream));
		String response;
            	response = input.readLine();
           	 // read and display one line at a time

		
		indice=fileName.indexOf("una/");
		indice2=fileName.indexOf(".html");
            	String nombreFichero = fileName.substring(indice+4,indice2+5);

		String ruta = "/home/linux1/Recolector/webs/"+nombreFichero;
		File fichero = new File(ruta);
		if (fichero.length()==0){
			fichero.createNewFile(); 
			BufferedWriter out = new BufferedWriter(new FileWriter(fichero, true));
			while (response != null) {
				//System.out.println(response);
				out.write(response);
				response = input.readLine();
			} //end while
			out.close();
		}

Funcionar funciona perfectamente, el único problema es que en el archivo que genera no se muestran correctamente ni los acentos ni las eñes. Alguna idea?
Gracias.