Buenas,

Pienso hacer una pequeña aplicacion en java, esta aplicacion es un sistema para las cajas de un almacen 

¿Que Base de Datos puedo usar?   

OJO:  Una base de datos pequeñita
OJO: Trabajo en Linux

Hola CazaGatitos,

Yo personalmente te recomiendo SQLite:

Es liviana, es pequeña, es simple, no necesitas que haya un servicio todo el tiempo ejecutándose, es portable, es segura, es multiplataforma, etc.

Un saludo!

Casi todos los motores andan con java , solo necesitas las librerias...(me atreveria decir que todos XD)