Hola.

Perdón creo que no entendí muy bien tu idea y me parece algo interesante.

Quieres decir que estás desarrollando una aplicación en Java que hará la función de un servidor web?... en lugar de ejecutar index.htm en el navegador tienes pensado realizarlo desde app.java?

Saludos.

mira primero felicitarte la mayoría son una sarta de incompetentes que solo saben lo absolutamente necesario según les van obligando en la universidad y en el trabajo

mira lo que quieres hacer no es tan fácil
mira en primer lugar tienes que aprender el patrón interprete esto te sirve para que la computadora pueda entender el lenguaje

bien te explico a muy grandes rasgos como se resuelve ese problema

en primer lugar lees una cadena de texto (la cual contiene el programa en php que quieras) luego la divides en pedazos donde cada pedazo sea o bien una palabra reservada o un variable o algo que ingrese el usuario.
el encargado de la partición se llama lexer y cada pedazo se llama token y cada token puede ser de un tipo determinado

ejemplo :

tenemos una cadena como ejemplo
"1+2*3-5"

luego los tokens serian los siguientes

posición|valor
1          |1      
2          |+      
3          |*      
4          |3      
5          |-      
6          |5    


el siguiente proceso es conocido como parseo el cual consiste en convertir los tokens en un abstrac sintac tree

un abstrac sintac tree es una estructura en forma de arbol echa con los tokens

ejemplo

                *
             /     \
          +         -
        /   \       /  \
      1      2     3   5


lo cual en código java seria

new multiplicacion(
                        new Suma(new Numero(1),new Numero(2)),
			new resta(new Numero(3),new Numero(5))
			)
 

luego la computadora puede realizar los cálculos y operaciones necesarios

http://ooxs-be.goracer.nl/EN/java/design-patterns/Interpreter.html