Depende mucho del programador, ademas es un programa de CONSOLA!!

No desvirtuemos el tema porfavor, si hay una alternativa se llama GCJ es un compilador para java de GNU. Compila los java a class actualmente tiene hasta el JDK 1.5 y lo más importante tambien sirve para pasar de java a ejecutable
Aunque es claro que tu JVM esta lenta por que tu pc esta probablemente con los archivos fragmentados.
Es posible que tu aplicación sea lenta ya que usas algoritmos de Orden O(n),O(n^2) o O(n!) en vez de usar O(logn) bueno ahi revisas.

Saludos.

Hola, si es un programa de consola y gracias por la respuesta, pero no me versees porque no sabes los algoritmos que uso y el estado de mi pc =P .

Entonces creo que no cambiaria mucha cosa si lo haces en ejecutable...

Saludos
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Si cambia, porque un programa parecido en .net es mucho mas rapido.