import java.util.Scanner;
 
class Prueba{
	public static void main(String []args){
 
		Scanner entrada = new Scanner(System.in);
 
		for(int x = 0; x < 10 ; x++){
			System.out.println("Mugre!");
		}
		System.out.println("deseas limpiar?");
		if(entrada.nextLine().equals("si")){
			System.out.print("\033[2J\033[1;1H");
		}
	}
}
 

Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
Mugre!
deseas limpiar?
si
←[2J←[1;1HPresione una tecla para continuar . . .

public final static void clearConsole()
{
    try
    {
        final String os = System.getProperty("os.name");
 
        if (os.contains("Windows"))
        {
            Runtime.getRuntime().exec("cls");
        }
        else
        {
            Runtime.getRuntime().exec("clear");
        }
    }
    catch (final Exception e)
    {
        //  Handle any exceptions.
    }
}