Pensad que llevo cosa de 1 mes haciendo java por mi cuenta (Solo tengo 15 años  ) asi que no sed severos conmigo, porque yo vengo del C++ y Bas5c xDD
Ahi va la clase, que usa un paquete externo gratuito y open source (edtFTP - http://www.enterprisedt.com/products/edtftpj/overview.html)

package ftp;
 
import com.enterprisedt.net.ftp.FTPTransferType;
import com.enterprisedt.net.ftp.FileTransferClient;
import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.OutputStream;
 
/**
*
 * @author Debci
 *Para elhacker.net
 */
public class Main {
    String host;
    String user;
    String pass;
 
    public Main(String host, String user, String pass) {
        this.host = host;
        this.user = user;
       this.pass = pass;
    }
 
   public static void main(String[] args) {
        //Tambien podemos especificar una IP :P
       Main datos_conexion = new Main("ip o servidor", "usuario", "contraseña");
 
        try{
            FileTransferClient ftp = new FileTransferClient();
           /**
             * Parametros de conexion
             */
            ftp.setRemotePort(21);
        ftp.setRemoteHost(datos_conexion.host);
            ftp.setUserName(datos_conexion.user);
           ftp.setPassword(datos_conexion.pass);
            ftp.connect();
 
          /**
            * Establecemos el modo de transferencia en Binario
            */
           ftp.setContentType(FTPTransferType.BINARY);
 
           /**
           * Para cambiar de directorio usamos el metodo changeDirectory
            */
 
            ftp.changeDirectory("porno, pelis verdes, hentai o el directorio que querais");
           ftp.setDetectContentType(true);
 
           /**
             * Vamos a subir un xploit o un troyano...
             */
           String file = "trojan.sh";
            File source = new File(file);
 
           OutputStream os = ftp.uploadStream(file);
           FileInputStream fis = new FileInputStream(source);
 
          long fin = source.length();
           long ini = 0;
          int x = 0;
           byte[] b = new byte[2048];
 
            while ((x = fis.read(b)) > 0) {
              ini+=x;
              os.write(b, 0, x);
              /**
                 * Usaremos el cuarto proporcional o una regla de 3
              * para saber cuanto hemos subido y cuanto queda por bajar
                 */
              System.out.println("El archivo ocupa: " + fin
                        + " - Subido: " + ini);
                System.out.println("Restante: "
                       + ((ini * 100) / fin) + "%");
           }
 
           os.close();
            fis.close();
/**
*Cerramos la conexión correctamente
*/
            ftp.disconnect();
/**
*Atrapamos la exepción que se peuda producir y la soltamos
*/
       }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
       }catch(IOExeption e2){
           e2.printStackTrace();
}
    }
}
 
 

He usado algunos metodos y clases que he encontrado pro ahi para hacer este Metodo.

Saludos  

esque la INFORMATICA, LA ELECTRONICA LA PROGRAMACIÓN... desde los 12 añitos 

saludos

si quieren pagar por la otra... busquen los mtodos y prou, y podran subir directorios, lo que se podria hacer es modificaar la gratuita para ue se peudan directorios, todo es cuestion de analizarlo.

saludos