La verdad nunca he visto en mi corta experiencia, que alguien quiera hacer eso. ¿Con qué objetivo?
Seguramente podrás ejecutar un BackUp de tu database desde código Java, pero importar una database existente, no creo que sea posible, o al menos tan fácil de hacer.
De todas maneras, espera opiniones más certeras, que conozcan sobre el tema.
Un saludo.
Si lo del BackUp ya lo tengo implementado... lo que pasa es que es un proyecto de la uni y se me exige trabajar con el WampServer... el problema viene en que tengo que dejarles un instalador del proyecto, el WampServer lo instalare directamente ejecutándolo desde java pero consigo como importar la base de datos