Lo primero no pongas los códigos en plataformas externas si no son demasiado extensos. Es mejor que los agregues a tu comentario entre etiquetas de Código GeSHi donde puedes elegir el lenguaje que quieras (java en este caso).
Ese código no está bien... Tu código es este:
Clase: Rectangulo.

public class Rectangulo{
    private double punto1; // que indica el punto 1?
    private double punto2; // que indica el punto 2?
    private double punto3; // que indica el punto 3?
    private double punto4; // que indica el punto 4?
 
    public Rectangulo(double punto1, double punto2, double punto3, double punto4){
        this.punto1 = punto1;
        this.punto2 = punto2;
        this.punto3 = punto3;
        this.punto4 = punto4;
    }
 
    public double area(double p1, double p2){ // para que pasas dos parametros...
        double areaRec = punto1 * punto2; // ...si luego no los usas
        return areaRec;
    }
 
    public double perimetro(double p1, double p2, double p3, double p4){ // para que pasas 4 parametros...
        double perimetro = punto1 + punto2 + punto3 + punto4; // ...si tampoco los usas
        return perimetro;
    }
} 

Clase principal: mainRectangulo.

public class mainRectangulo{
    public static void main(String[] args){
        int p1 = 0, p3 = 0; // estas variables para que si no se van a usar...
        int p2 = 0, p4 = 0; // estas tampoco se van a usar...
 
        Rectangulo rec = new Rectangulo(3,2,3,2);
        System.out.println("El area es: " + rec.area(p1, p2) + " m2"); // en vez de poner un espacio y luego m2 se puede poner junto
        System.out.println("El perimetro es: " + rec.perimetro(p1, p2, p3, p4));
    }
} 

Lo que yo te diría sería que crearas una clase <Punto> que tenga dos coordenadas: <x> e <y> y los métodos <set> y <get> habituales. Una clase <Rectangulo> que contenga 4 Puntos (es decir, 4 objetos de la clase Punto que indiquen las coordenadas de cada esquina del rectángulo).
Para calcular las longitudes de los lados del rectángulo tendrás que hacer un poco de trigonometría básica con las coordenadas y con ello calcular el área y el perímetro.