returneado = array.toString(); //Esto lo pongo para poder convertir el array en string
 

import java.util.*;
 
public class IntegerNumber{
 
 
 
	public static void main(String[]args){
 
		Scanner sc = new Scanner(System.in);
 
		System.out.println("Tell me, which number do you want to convert?");
 
		int integerNumber=sc.nextInt();
 
		System.out.println("\n" + intToComp2(integerNumber)  + " -- salida"); //NO ME PRINTEA EL STRING!
	}
 
 
	//METODO QUE PASA DE INTEGER A Comp.A2
 
	public static String intToComp2(int integerNumber){
 
		int i=0;
		int[]array;
		int j=integerNumber;
		int r;
		int m=0;
 
                //fíjate en como redefiní esta variable, y en como la uso al final del método
		StringBuffer returneado = new StringBuffer();
 
		//este bucle calcula la longitud del array
		do{
			i++;
			array=new int[i];
 
		}while((Math.pow(2,i))<=integerNumber);
 
		System.out.println("So I will use " + array.length + " bits");
 
		//este bucle mete en el array el valor del numero en binario
		do{
			r=j%2;
			j=j/2;
			array[m]=r;
			if(j/2==1){
				array[i-1]=1;
			}
			m++;
		}while(j>1);
 
		//esto printea el binario
 
		for(int h=m;h>=0;h--){
			System.out.print(array[h]);
		}
 
		//este bucle lo pasa a comp.A2
 
		for(int b=0;b<array.length;b++){
			if(array[b]==1){
				b=b+1;
				while(b<array.length){
					if(array[b]==1){
						array[b]=0;
					}else{
						array[b]=1;
					}
					b++;
				}
 
			}break;
		}
 
 
		for(int z = 0 ; z < array.length ; z++){
			returneado.append(array[z]);
		}
 
		return returneado.toString();
	}
}
Saludos