import org.jsoup.Jsoup;
import org.jsoup.nodes.Document;
import org.jsoup.nodes.Element;
 
public class Test {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        Document doc = Jsoup.connect("http://algundominio.com/folder").get();
        for (Element file : doc.select("td.right td a")) {
            // si el elemento termina con "/" es un directorio
            if(file.attr("href").endsWidth("/")) {
                System.out.println(file.attr("href");
            }
        }
    }
}