A qué te refieres con comparar: ¿Comparar byte a byte las dos dll y ver las diferencias?
Si es así tienes muchos programas, puedes utilizar por ejemplo Hex Comparison, que a mí me gusta bastante y además tiene una opción para trabajar con datos hexadecimales muy útil: pegar valores hexadecimales
Su página web es la siguiente:
http://www.exeicon.com/hex-comparison/No es gratuito, pero está bien y se va actualizando.
También puedes mirar gratuitos:
http://usuarios.lycos.es/visualdiego/programas/Diego-Comparador/Diego-Comparador.exehttp://www.elguille.info/colabora/vb2006/cristianfa2_COMPARADOR.htmY este ejemplo igual no lo conoces: comando
FC en la Consola de Windows:
C:\Documents and Settings\usuario>help FC
Compara dos archivos o conjuntos de archivos y muestra las diferencias
entre ellos
FC [/A] [/C] [/L] [/LBn] [/N] [/OFF[LINE]] [/T] [/U] [/W] [/nnnn]
[unidad1:][ruta1]archivo1 [unidad2:][ruta2]archivo2
FC /B [unidad1:][ruta1]archivo1 [unidad2:][ruta2]archivo2
/A Muestra sólo la primera y última línea de cada grupo de
diferencias.
/B Ejecuta una comparación binaria.
/C Omite mayúsculas y minúsculas.
/L Compara archivos como texto ASCII.
/LBn Establece el máximo número de diferencias consecutivas como
el número de líneas especificadas.
/N Muestra los números de línea en una comparación ASCII.
/OFF[LINE] No omite archivos con el atributo "sin conexión"
establecido.
/T No expande tabulaciones a espacios.
/U Compara archivos como archivos de texto UNICODE.
/W Comprime espacios en blanco (tabulaciones y espacios) por
comparación.
/nnnn Especifica el número de líneas consecutivas que deben
coincidir después de una diferencia.
[unidad1:][ruta1]nombre-archivo1
Especifica el primer archivo o conjunto que se comparará.
[unidad2:][ruta2]nombre-archivo2
Especifica el segundo archivo o conjunto que se comparará.
C:\Documents and Settings\usuario>
Un ejemplo que acabo de hacer de este último caso. He creado dos archivos y sus respectivos bytes son los siguientes:
Archivo 1.dll --> 01 02 03 04
Archivo 2.dll --> 11 02 33 44 55 66
C:\Documents and Settings\usuario> FC C:\1.dll C:\2.dll /b
Comparando archivos C:\1.dll y C:\2.dll
00000000: 01 11
00000002: 03 33
00000003: 04 44
FC: C:\2.DLL es mayor que C:\1.dll