Para analizar un programa NET tienes multitud de herramientas:
ILDasm, DotNET tracer, Calimero, Reflector, plugin Reflexil, Illy (plugin de OllyDBG)...
Para editar el ejecutable en NET puedes hacerlo a mano(yo lo hago así con ILDasm para ver los bytes y el código IL), en la ayuda de este programa explico cómo encontrar el byte adecuado:
http://tuts4you.com/download.php?view.2790También puedes hacerlo usando el plugin Reflexil:
Modificar un NET con ReflexilStrongNames y ReflexilHay muchos tutoriales sobre NET:
NET por ApuromafoSA_Patching NETCrackme 1.7