En general es recomendable usarlo estandar con los plugines que te gusten/necesites para realizar las tareas que sean.

Suele asociarse a x64dbg con Olly, pero no tienen nada que ver. El autor de x64dbg lo hizo parecido a Olly, para que curva de aprendizaje sea más amena, pero son 2 debuggers completamente distintos.

En resumen: te aconsejo usar lo estandar. Ten en cuenta que es un debugger que está en desarrollo y las actualizaciones pueden corregir fallos o agregar nuevas funcionalidades. En la versión custom, deberás esperar hasta que hagan los cambios que la hacen custom, o bien, olvidarte de los updates.

Saludos!