Eso depende de cómo ha sido programado el programa.
Normalmente el principio de código de un programa (win32 nativo) suele comenzar por Winmain:
int WINAPI WinMain (HINSTANCE hThisInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpszArgument, int nFunsterStil)
Como puedes observar en lpszArgument tienes la dirección a los argumentos. Ahora yo como programador puedo hacer lo que quiera con los argumentos: los separas por comas, por espacios etc...
PD. Tal vez en el archivo de ayuda del programa te lo explique.