explorer.exe funciona en el equipo y si buscas alternativas comienza por otros programas que hagan esa integración

https://www.softzone.es/programas/sistema/mejores-alternativas-explorador-archivos-windows/

si buscas hacer tampering/modificaciones en explorer, lo menos que debes saber es que tiene a mucho interactuando con el,

personalmente en exploracion de archivos y directorios prefiero winrar, es mas potente, no se tu, pero todos tenemos la opción de elegir, antiguamente usaba total commander, es bien accesible en precio y uso.

Saludos Cordiales.

Recuerda que windows tiene el SFC (System File Checker)... que opera en tiempo real. deberías revisar el sfcfiles.dll...
Si por ejemplo eliminas x dll de windows, la rescata de alguna carpeta donde tiene copia (por ejemplo en XP (creo que operas con XP, no?), se suelen localizar en servicepackfiles, dllcache, prefetch o incuso puede que de algún 'cabinet'...)
Si cambias todas las copias al únísono (esto es, offline), no tendrá de donde reponer la copia adecuada, lo que no quita que el sistema sepa que esa librería no es genuina. Es preferible que antes de eliminarlas las comprimas en un fichero con contraseña manteniendo las rutas de procedencia.

Y sí, un S.O. hace bien en asugrarse que las dll que tiene no son suplantadas. De hecho debiera ser más estrictos (en mi opinión). No es tanto porque uno no pueda hacer sus cambios en sus equipos, si no para que nadie pudiera hacer cambios en esos equipos que no son suyos.

Ultimamente preguntas mucho sobre PE, te recomiendo el libro:
"Linkers and Loaders" de John R. Levine.

p.d.:
Por supuesto, hay posibilidades de que el cambio que realizas inutilice alguna funcionalidad (en vez del cambio esperado), incluso el arranque si éste es dependiente de ello.