El problema es que, por seguridad, la máquina virtual no permite que los appltes hagan cualquier tipo de manipulación de ficheros. Pero creo que podrías intentar firmar el Applet que es como crearle un certificado:
Para uso personal se debe solicitar un certificado de clase 2 (al precio de unas 3000 pesetas al año), mientras que para uso comercial se necesita uno de clase 3 (que cuesta unas 60000 pesetas anuales).
Imagina que entras a una web que tiene un applet que examina todo tu disco duro y hace público el listado de tus archivos, incluyendo los videos porno y tal XD
La cosa es que el Applet se ejecuta en el cliente, entonces no va a poder listar los archivos del servidor. La unica sería emplear un tercer programa que corra sobre el servidor, y este a la espera de ordenes del applet, y cuando el applet le pida algo, pues él le devuelve, en este caso, un listado de los archivos.
Tal vez con RMI puedas hacerlo, aunque no se si sea la mejor opción.
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