Buenas

- Asegurate de que tienes puesta bien la secuencia de arranque en BIOS, cargando HDD como principal.
- Siempre te ocurre? en ninguna de las ocasiones te cargo bien el sistema? desde cuando te pasa?
- Probaste con
Reparación y usando FIXMBR para reparar el MBR¿?

. En todo caso podrias probar también con FIXBOOT

Saludos!!