Yo me iría por otro lado más serio. Deja de desktop, la fiabilidad no es su prioridad.

Placa base: Tyan sin duda alguna. Son caras pero lo valen. Controladoras RAID bestiales, soporte multiprocesador, diagnósticos en tiempo real... vamos, que valen lo que son.
Procesador: Sin dudas, Xeon o Opteron. nada de desktop, su tolerancia a errores es nula, y por lo general, no aguantan tan (digo tan) bien las cargas constantes y durante mucho tiempo. Además de trabajar por lo general más fríos y gozar de tecnologías más avanzadas.
Memoria: DDR3, eso clarísimo, preferiblemente de latencias ultrabajas (DDR3-1333 CL5)
Discos duros: RAID 0+1, eso sin dudas, los modelos de discos está a tu criterio.
Una caja que soporte ventilación invertida (o sea, de atrás para alante)


Por cierto, comprar un VelociRaptor es una senda chorrada. Vale lo mismo que un Seagate Cheetah 15.5k por SAS y el Cheetah se lo come por alante, pora trás, por los lados y por las tapas.