Hola tengo win10 y tengo dos discos duros internos, uno es de 1 tera y otro de 3 teras.
He instalado el Windows en el disco duro de 1 tera, al iniciar me di cuenta que el Windows no me reconocía el disco duro de 3 teras. Me metí en el administrador de discos duros y allí comprobé que el espacio reservado de sistema estaba en el disco duro de 3 teras y que ademas se me habían creado dos particiones mas una de 2 teras y otra de 700 gb.
Quisiera que el reservado de sistema estuviera en el disco duro de 1 tera y luego poder acceder al disco duro de 3 teras sin ninguna particion para utilizarlo después solo como datos.
No me gustaría perder los programas y datos del disco de 1 tera.

No a ver... digo que el disco 0 quedara solo con 3 teras (sin que haya particiones) y el disco 1 tuviera el reservado para el sistema. Y todo sin perder nada en el disco 1.
Si tienes razón lo de esclavo era en los de tipo IDE 

O haber conectado el disco de 1 tera primero y el de 3 teras segundo ya que el instalador de windows instala el bootloader siempre en el disco 0 (puerto sata 1), pero sí, es recomendable desconectar discos secundarios ya que windows tiende a meter sus manazas donde no le llaman