De momento lo he solucionado de la siguiente manera:
-He encontrado el patrón por el cual la BIOS deshabilita la memoria defectuosa.
Resulta que al arrancar normal el test de memoria es rápido pero no exhaustivo.
Sin embargo si entro en la BIOS y salgo (solo entrar y salir sin hacer ningún cambio) resulta que al re-arrancar el test se hace más lentamente, consiguiendo detectar la memoria defectuosa y deshabilitándola.
En resumen, cada vez que arranco el ordenador debo de entrar y salir de la BIOS para que se produzca un test de memoria completo.

Para deshabilitar parte de la memoria se pueden añadir los siguientes parametros tras el S.O. indicado en el boot.ini (NT 5)

/maxmem=número
Establece la máxima cantidad de memoria RAM a usar por Windows. No usar un valor menor de 12. Es muy útil en caso de sospecha de mal funcionamiento de algún módulo de memoria RAM. Por ejemplo, supongamos que tenemos dos módulos de 128 megas cada uno y sospechamos que tenemos uno defectuoso, podemos escribir /maxmem=128. Si el sistema arranca sin problemas, podemos cambiar un módulo por otro para ver cuál está causando el problema.

/burnmemory=número
Indica el número de megabytes que Windows no podrá usar. Útil frente a fallos de memoria RAM. Por ejemplo, si sospechamos de algún fallo podríamos hacer que Windows sólo cargase, por ejemplo, 256 MB, con lo que el modificador sería /burnmemory=256.

Fuente: http://www.fermu.com/es/articulos/windows/articulos-y-tutoriales/252-el-archivo-qbootiniq-en-windows-xp